自2000年以来，土木工程学院一直推行教学单位和科研单位平行设置的机制，采用“系管教学，所管科研”的模式，所有专业教师具有双重身份，从教学单位归属来分可属于教学系或实验室，从科研单位归属则分属不同的研究所或学科组。学院目前有6个基层教学单位、10个基层科研单位和2个科研平台，运行结果表明，此模式对专业教师的教学、科研工作起到了良好的促进和保障作用。

基层教学单位划分依据本科生专业或专业方向，6个基层教学单位为：建筑工程系，道路与桥梁工程系，岩土与地下工程系，工程管理系，市政工程系，土木学院实验中心。

基层科研单位人员归属主要依据教师科学研究方向，设置原则基本上依托土木工程学科的二级学科方向，目前由5个经学校有关部门批准的研究所和5个学院设置的学科组组成，分别为：结构工程研究所，防震减灾研究所，空间结构研究所，岩土工程研究所，建筑材料研究所，道路与桥梁工程学科组，土木工程建造与管理学科组，市政工程学科组，建筑环境与供热学科组，工程测量学科组。

2个科研平台为甘肃省土木工程防灾减灾重点实验室和西部土木工程防灾减灾教育部工程研究中心，其成员依托全院研究人员。